Une fois l'accord sur le prix conclu, le paiement peut être réalisé par virement bancaire, Paypal, ou tout autre moyen de paiement courant pour ce type de transactions.
Dès réception du paiement, le nom de domaine et le cas échéant le site, sont transférés à l'acheteur. Le transfert est généralement réalisé en moins de 24 heures, mais il peut prendre jusqu'à 5 jours, selon les bureaux d'enregistrement impliqués.
La transaction via Paypal vers un compte certifié, comme l'est celui de identiteinternet.fr, est suffisamment sécurisée, sachant que Paypal recrédite l’acheteur dans le cas où le vendeur ne délivrerait pas son site ou le nom de domaine. Pour les grands entreprises ou les acheteurs actifs sur les forums de discussion de webmasters, le paiement peut intervenir APRES la finalisation du transfert du nom de domaine. Une autre solution est de passer par un tiers de confiance.
Pour des achats importants, il est courant d'utiliser un service de tiers de confiance comme ceux d'Escrow.com ou de Sedo.com. Dans ce cas, l'acheteur verse la somme dûe au tiers de confiance, et celui-ci ne débloque celle-ci que lorsque la transaction a été finalisée.